表观遗传和染色体3D结构，在神经功能所需的差异转录程式的动态中具有很重要的作用。在这项研究中，我们在小鼠中用了一种活动相关的标记系统，研究记忆细胞在一生中的记忆形成和唤起中的表观遗传状态，染色体3D结构和转录图景。我们发现记忆编码能够导致表观遗传的启动事件。这种启动事件包括了增强子区域开放性的增强，但却没有基因表达层面的变化。记忆的巩固进一步导致染色体片段的空间重构和启动子与增强子的相互作用。最后，再次激活时，记忆神经元使用一个全新的大范围的相互作用，增强子与他们相对应的启动子结合，上调突触小体相关基因表达进而促进蛋白质的翻译。综上，我们的研究阐明了详尽的整个生命中记忆形成和唤起过程中海马体的转录和表观的图景。
1.在时间上和空间上，鉴定激活的和重激活的记忆细胞。
图1
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可能有的像我一样外行的同学会好奇这些区域DG,CA1都在哪里，所以附上从wiki的截图。
2.记忆的形成与染色体上增强子区域的激活有关。
图2：
可能有的像我一样外行的同学会好奇，这个是怎么鉴定出来的，这里就不展开了，但是感兴趣的同学可以像我一样，自行参考doi:10./nprot..。
3.空间和结构和染色体开放性在记忆形成时的动态变化与在记忆唤起时启动子和增强子的相互作用是相互呼应的。
从本段开始，引入反映染色体3D结构的Hi-C数据。
图3/p>
图4/p>
4.记忆形成和唤起时，记忆细胞不同的转录程式。
为了进一步研究上面提到的染色体开放性的差别（ATACseq），启动子-增强子相互作用（Hi-C），对基因表达的影响，他们此处引入了RNAseq数据，并鉴定了差异表达的基因。
5.转录调控元件的相互作用影响转录是从形成到唤起的记忆过程。
最后他们整合了三种数据。
#########以下是我的感想的分界线###########
这篇文章难死我了！！应该是目前为止，搞得最久的一篇。但是，我也只是基本上理解了这篇文章的思路和主要结论，如果有理解的或者翻译的不好的地方（当然有吧！），希望大家理解，并不吝赐教。
选这篇文章是因为，我一直都对神经科学很感兴趣，所以专门搜的10月刊的Natureneuroscience。当然在众多文章中，这篇多组学的文章就成为了我的首要目标。
本文循序渐进地引入并整合3种主要数据，（当然每一步都穿插有，其他已发表数据，和实验验证等）。我觉得是一个多组学数据研究的典范之作，也是一个数据驱动和假设驱动研究的完美结合。可以看到这三种主要数据的分析，更偏向于数据驱动，各自都是先独立分析再结合分析。但是每一步的验证实验，又是有目的性，有针对性的。结构上非常美观严谨。
当然，从语言上，我觉得长句偏多，晦涩难懂，需要很多背景知识和对被应用的软件的理解。我定义好读的文章就是，我能直接读懂结果的，这篇文章显然不是，为了更好的理解，我需要参考method，甚至参考其中引用的文章。当然，这可能是因为我的背景知识很有限。Anyway,读这篇文章真的是学到了很多东西。
生信文艺猫
