石家庄白癜风医院 http://baidianfeng.39.net/bdfby/yqyy/转眼间,即将过去,今年又有很多基因组文章发表,并且绝大多数都发在高分杂志上。年中时我们对上半年发表的基因组文章进行了汇总(盘点年上半年高分基因组测序文章),接下来小编对今年的基因组文章进行大盘点。
动物基因组文章
1)9只猪(Susscrofa)基因组——GenomeResearch[1]
诺禾致源科技服务团队携手四川农业大学等单位研究人员,通过对不同品种猪进行个体全基因组组装(ContigN50:28.99Kb~42.66Kb;ScaffoldN50:1.26Mb~2.45Mb),全面挖掘复杂区域变异信息并鉴定出新的序列和基因结构,提供了个体变异检测和群体遗传学新思路,因此也荣登GenomeResearch封面。
本研究首次在经济动物中以10只品种猪为代表,采用全基因组组装检测遗传变异策略,解析欧亚大陆猪群体的遗传多样性,与传统的群体遗传学研究思路相比,能获得更多更全的复杂区域遗传变异以及同时鉴定新的序列基因结构。该文章诺禾致源为共同作者和共同第一作者。
2)非洲爪蟾(Xenopuslaevis)基因组——Nature[2]
该研究利用二代NGS测序对其进行全基因组组装,ScaffoldN50为3.47Mb,然后利用Chicago组装新技术进一步提升,使得ScaffoldN50达到8.98Mb,在此基础上结合Hi-C技术,组装指标ScaffoldN50提升到34Mb,获得非洲爪蟾高质量基因组序列,并作为Nature封面文章发表。
该研究通过鉴定非洲爪蟾染色体组型、分析异源四倍体的亚组的演化历史,结合热带爪蟾进行比较基因组分析,揭示了非洲爪蟾的两个亚基因组不对称进化,L亚基因组更像祖先基因组状态,S亚基因组表现出更多的删除和重排。非洲爪蟾作为研究脊椎动物发育、细胞生物学和免疫学的模型现在进一步成为研究脊椎动物多倍体模型。
3)海马(Hippocampus